Ja miałem 323i, a kolega 328Ci więc znam temat, jeżeli chodzi o te dwie wersje silnikowe.
Zasadniczo pod maską to wystarczy sam słupek wstawić. Nawet kompletna głowica jest identyczna. Z osprzętu to chyba tylko wtryskiwacze i komputer się różnią (podobno można przeprogramować ten od 2.5 na "większą pojemność"). Takie rzeczy jak przepustnica czy katalizatory i wydech zapewne mają inne numery katalogowe, ale fizycznie wszystko pasuje. Więc jakbyś miał płacić to np. wydech najlepiej od razu od 330i zamontować.
Skrzynia i dyfer mają minimalnie inne przełożenia, aczkolwiek tych części również nie ma sensu wymieniać:
http://www.bokchoys.com/differential/GearRatios_E46.htm No chyba, że sprzęgło/dwumas idzie inny - tego akurat nie wiem.
Z tego co pamiętam w 2.8 półosie są grubsze, jednak jeżeli nie katujesz auta, to wątpię, żeby te od 323i się poddały.
Pamiętaj, że przy zwiększaniu mocy trzeba zapewnić odpowiednie hamowanie

A akurat 323i ma mniejsze tarcze. W 2.5 masz 286mm na przodzie oraz 276mm z tyłu. W 2.8 jest odpowiednio 300mm i 294mm. Aby zamontować większe tarcze należy kupić odpowiednie jarzma, zaciski niby są takie same, ale ciężko kupić inaczej niż cały komplet. Sam robiłem taki SWAP hamulców. Tarcze 300mm/294mm występowały w 328i przed liftem, nowszym 325i czyli M54 192KM oraz 320d CR 150KM. Jednak po wymianie doszedłem do wniosku, że i tak większe znaczenie w poprawie hamowania miało kompletne czyszczenie tłoczków i wymiana płynu hamulcowego niż sama średnica tarczy. Oczywiście to dotyczy mojej spokojnej jazdy, bo na torze czy górskich serpentynach każdy milimetr średnicy ma znaczenie w nagrzewaniu się układu.
Najlepiej to porównaj sobie numery części na stronie
http://www.realoem.com/bmw/pl/select