miałem tak samo w E46 323Ci, problem tkwił w module komfortu... Programowanie połączenia kluczyka z alarmem nic nie dawało...
W tej sytuacji miałem dwie opcje do wyboru:
1) wymiana modułu komfort i konfigurowanie tego wszystkiego na nowo (koszt około 300 zł za używany moduł + wymiana modułu + około 700 zł za programowanie w BMW wszystkiego... no chyba że zadziała bez programowania i wystarczy włożyć kluczyk do stacyjki i go sparować z komfortem)
2) podpięcie opcji takich jak miałem pod kluczykiem do alarmu nieseryjnego (koszt 50-80 zł + ewentualny koszt alarmu dodatkowego)
Efekt był taki że wszystkie funkcje z kluczyka miałem przeniesione na alarm: tam nie miałem elektrycznie składanych lusterek, więc praktycznie wszystko było tak samo jak w normalnym kluczyku, z tym że musiałem nosić dodatkowy breloczek od alarmu i funkcje z kluczyka były wyłączone (nie było np podświetlania wnętrza)
Jest to na pewno oszczędność pieniędzy, ogólnie moim zdaniem było ok, bo otwierało auto, zamykało auto i domykało szyby bez problemu

...taka opcja jest gorsza w przypadku składanych lusterek, czy też cabrio - ja np nie zawsze zamykam w aucie dach jak np zamykam je, ale jestem w okolicy, albo nie zawsze składam lusterka zostawiając go na parkingu (gdzieniegdzie może to kogoś pokusić o kradzież wkładów, jako że wywijają się do góry

)
ja proponuję zaopatrzyć się w dodatkowy alarm i przekazać na niego funkcje ze zwykłego kluczyka